Ciprofloxacin werd gebruikt voor een korte tijd in patiënten met chronische bacteriële prostatitis voordat de CDC alle studies naar andere quinolones verhuisde. Er zijn verschillende belangrijke verschillen tussen Cipro en Erythromycin. Cipro heeft veel minder bijwerkingen dan Erythromycin door zijn krachtige antibacteriële eigenschappen. Cipro is bijna een antibiotica van het laatste redmiddel. Als gebruikt op dezelfde manier als erythromycin, wordt het alleen zo laat gebruikt als de dag dat andere antibiotica effectief worden. In vergelijking met Clindamycin, lijkt Cipro effectiever te zijn bij het behandelen van urine infecties zoals cystitis door de hogere kracht van het medicijn. Echter, Clindamycin is veel waarschijnlijker om niertoxiciteit te veroorzaken en als je de andere overwegingen overweegt, wordt het medicijn vaak gekozen als alternatief voor de fluoroquinolonen.

Cipro geeft wat opluchting voor patiënten met cellulitis.